Η έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης του 16ου αιώνα π.Χ. αποτελεί ίσως την μεγαλύτερη έκρηξη απ' όσες έχουν καταγραφεί μέχρι σήμερα σε όλο τον κόσμο. Από την ηφαιστειακή δραστηριότητα δημιουργήθηκε μία καλδέρα διαστάσεων 8x11 Km, τα εκτοξευμένα ηφαιστειακά υλικά έφτασαν σε σημαντικές αποστάσεις, προκλήθηκαν τεράστια κύματα τσουνάμι και καταστράφηκε ο Μινωικός πολιτισμός στην Κρήτη.

Η πόλη του Ακρωτηρίου ευρίσκετο στο νότιο τμήμα της νήσου - ηφαιστειακού κώνου και καλύφτηκε εξ ολοκλήρου από τον σχηματισμό κίσσηρης ο οποίος εκτοξεύτηκε στα τελευταία εκρηκτικά στάδια. Στην περιοχή ανασκαφές έδειξαν ότι προ του 16ου αιώνα αναπτύχθηκε ένας απαράμιλλος πολιτισμός.

Ένα από τα σημαντικά ερωτήματα που έχουν προκύψει είναι για το ότι πουθενά δεν βρέθηκαν λείψανα ανθρώπων λόγω της εκρηκτικής δραστηριότητας των ηφαιστείου, όπως σε άλλες περιπτώσεις, π.χ. Πομποία. Τούτο αποδίδεται μάλλον στο γεγονός ότι η πόλις και η νήσος εγκαταλείφθηκαν κατά την πρώιμη ηφαιστειακή δραστηριότητα και από την σεισμοηφαιστειακή δραστηριότητα πριν τη μεγάλη έκρηξη.

Από την έρευνα που έγινε στην Σαντορίνη τεκμηριώθηκε ότι πράγματι πριν τη μεγάλη έκρηξη και την ταφή της πόλης του Ακρωτηρίου σημειώθηκε έντονη σεισμική δραστηριότητα ενώ ταυτόχρονα προκλήθηκαν και σεισμικά ρήγματα στην επιφάνεια της νήσου ένα από τα οποία μάλιστα έτεμνε και την πόλη του Ακρωτηρίου.

Ειδικότερα στα εσωτερικά πρανή της καλδέρας βόρεια της πόλης του Ακρωτηρίου διαπιστώθηκε ρηξιγενής ζώνη η οποία δεν ήταν μέχρι τώρα γνωστή διεύθυνσης Β-Ν που διατάραξε και κατάτμησε έντονα τους προγενέστερους γεωλογικούς σχηματισμούς και το κατώτερο μέλος από την σειρά της Ανώτερης Κίσσηρης. Αντίθετα δεν έχει επηρεάσει ουδόλως το ενδιάμεσο μέλος καθώς επίσης και τον ανώτερο.

Η ρηξιγενής ζώνη παρατηρήθηκε και μέσα στην προϊστορική πόλη του Ακρωτηρίου όπου δομικά στοιχεία έχουν επηρεασθεί από την διέλευσή της

Συμπερασματικά αναφέρεται ότι λίγο πριν την μεγάλη έκρηξη σημειώθηκε έντονη σεισμική δραστηριότητα με εκδήλωση σεισμικών ρηγμάτων στην επιφάνεια γεγονός το οποίο απομάκρυνε τους κατοίκους οι οποίοι έφυγαν με πλήρη τάξη και με όλα τα πολύτιμα αντικείμενα. Αργότερα εκδηλώθηκε η μεγάλη έκρηξη η οποία και κάλυψε την προϊστορική πόλη.